La gouvernance pédagogique et scientifique du programme « CAP Pairs » est confiée à un Comité de pilotage constitué de praticiens experts de la méthode d’évaluation des pratiques entre pairs :
 

Ce comité a sélectionné les thèmes des dossiers documentaires pour répondre à des interrogations fréquemment rencontrées par les praticiens de ville dans leur activité régulière, et qui font l’objet de difficultés liées à des problèmes de diffusion de l’information scientifique ou de la mise en pratique des recommandations.